Temporada 1

Cuando Kogoro Katsura y Shinsaku Takasugi acuden a robar un tesoro legendario del cual se dice que concede riquezas, manipula el tiempo y permite gobernar el mundo, nunca imaginaron que acabarían en una situación tan peculiar.

Takasugi se encuentra con el señor del castillo e intentará rescatar a Yoshinobu con ayuda de dos jóvenes ninjas. ¿Podrá desbaratar los planes de tan cobarde poseedor del misterioso reloj?

Takasugi querría trabajar con Sakamoto, pero aquel que fuera su amigo en su tiempo no parece el mismo que el de este tiempo, aunque tengan ideas afines en ciertos aspectos

Katsura y Takasugi necesitan volver a entrar al castillo, y la mejor forma de hacerlo es que uno de ellos se infiltre en el Shinsengumi, quienes tienen acceso libre.

Con Kido infiltrado en el Shinsengumi, Takasugi se encuentra con un aparentemente peligroso prisionero en el castillo que le indica cómo llegar hasta Mugensai

Yamazaki se encuentra con uno de los 12 comandantes, Benkei Musashibo, quien aspira a conseguir la espada número 1000 de sus derrotados enemigos.

Mugensai usa algo llamado locomotora de vapor para introducir grandes cargamentos de armas en el castillo, algo que los protagonistas intentarán evitar.

Los protagonistas urden un plan para robar el cronómetro a Mugensai, al menos Ryoma, que es quien se acercará a él.

Los dilemas del Shinsengumi al cambiar de amo y el camino que optó por tomar un hombre fiel a su antiguo señor supondrán una de las pequeñas ondas que cambiarán las cosas.

Cuando el Shinsengumi cae en la Isla Prisión del lago Biwa, la prioridad será salvar a Seimei y protegerse de los habitantes de la isla, criminales allí enviados por su peligrosidad.

Takasugi viaja en el tiempo hasta sus tiempos de juventid, donde conoce se encuentra a un Katsura mucho más joven y puede ver de nuevo a su amado maestro. Es entonces cuando conocerá las circunstancias que vivió su maestro mientras él estuvo en su tiempo en Edo.

Viejos enemigos se unen por un enemigo común y con la intención de librar al mundo del yugo de Mugensai y su cronómetro.