Temporada 1

A Yamato, un estudiante de secundaria residente en Akagicho, lo encierrra la policía tras una pelea. Su compañero de clase, Teru, aparece y le propone un trato. A cambio de sacarle de la cárcel, quiere que Yamato acepte un trabajo para él. Yamato y su rival, Ryugo, se dirigen al lugar designado, pero son acosados por unos matones a los que Teru ha enfurecido. Cuando los dos adolescentes ganan la pelea, Teru los lleva bajo tierra, donde los chicos se llevan el susto de sus vidas.

Yamato y el equipo del Musashi se enfrentan a los Draktor por primera vez. Aún se están habituando al robot y no será fácil controlarlo, pero pueden hacer que cambien las tornas para la humanidad.

Varios pilotos de Rogue son asesinados y la princesa Arshem intenta cumplir también con su misión. Es entonces cuando el equipo del Megaton es llamado a un despliegue de emergencia.

Reiji Amemiya se pone a perseguir a un gatito y acaba adentrándose en la Bahía Oblivion, llegando incluso a subir a un Rogue, casi como si fuera cosa del destino... o algo más.

La banda de los Kings & Jokers parece causar más de un problema por la ciudad. Yamato y compañía se topan con ellos y descubren que su líder puede ser más de lo que aparenta.

Minami revela un gran plan para que la humanidad contraataque en vez de huir y el equipo gana una nueva integrante. Por otro lado, Iblim sigue al acecho, dispuesto a matar a Yamato.

Asuna despierta, fuera del control de los extraterrestres, y le cuenta lo sucedido a Yamato. Juntos, se disponen a encontrarlos. Jun Kirishima, por otra parte, recupera sus recuerdos e inicia el entrenamiento como piloto.

Kiyoka presencia una trifulca entre Yamato y los extraterrestres, pero sin ser consciente de ello. El equipo gana fuerzas, sin embargo, al sumar a una nueva piloto.

Ryugo se da cuenta de algo que prefería no saber y confronta a su madre con la verdad, aunque esta ya la sabía. Parece que los recuerdos modificados están empezando a desvanecerse, pero el equipo deberá centrarse en defenderse de la ira de la reina Crouzade.

Arshem habla con Yamato de su idea de convivencia, pero cuando en ambos lados hay quienes no están dispuestos a aceptar ese camino, ¿a qué punto podrán llegar?

La princesa Arshem monta con Yamato para ayudarle a derrotar a las nuevas unidades enemigas. Yamato hasta este momento no se había planteado intentar no matar a enemigos, pero la princesa le da una nueva visión de las cosas.

Pese a la ayuda de Arshem, el nuevo enemigo no caerá fácilmente, pero si logran vencerlo con su ayuda, se asegurarán de hacer entender a los demás de que sus intenciones con los humanos son buenas.

Tras desvelarse que Minami es también una Draktor y que su objetivo es la reconciliación, comienzan las charlas sobre si la humanidad debe hacer el esfuerzo por congeniar con el enemigo.

Yamato descubre a un misterioso chico llamado Masamune Kuze a quien todos parecen conocer, menos él y un par de sus amigos. Justo cuando parecían ir a descubrir algo sobre él, los convocan para pilotar.

Arshem ve de primera mano lo que es intentar sobrevivir en Solon y decide ayudar como puede. Por otro lado, Masamune Kuze busca una manera de convertirse en piloto.

Margaret tendrá que enfrentarse a un golpe en el refugio Ixia poco después de haber sido ascendida a comandante. En tierra firme, más extraterrestres visitan Solon.

Yamato y los pilotos de Ixia hacen una visita a la ciudad de Solon. En ella, Arshem tendrá una confrontación con su madre.

Los Draktors atacan Solon y sus habitantes huyen hacia el refugio. Durante el ataque, Yugra descubre el tipo de relación que tienen Arshem y Yamato.

Teru por fin ve el rostro del bebé que tantos dolores de cabeza le ha dado y sigue dándole. Yugra y Miysis logran infiltrarse en Ixia y descubren más sobre la vida terrícola.

El grupo de Arshem y Victor llega al área de la colisión de la nave nodriza Draktor y se topa con un asentamiento de extraterrestres.

Mientras los terráneos se preparan para tomar la fortaleza Martillo Divino que les bloquea el paso, Arshem intenta unir a los extraterrestres para caminar hacia un nuevo futuro.

El Martillo Divino representa un reto mayor de lo que las fuerzas terráneas esperaban. Pero ¿qué sabe el navegador de Momoka y por qué los empuja a no rendirse?

Margaret y Arshem llegan a un acuerdo y, para intentar convencer a las figuras clave terrícolas, deciden celebrar un festival tradicional.

La desaparición de Arshem pone en entredicho la alianza de Draktors y terrícolas. ¿Logrará la visita a Santuario estabilizar las cosas?

Ryusei Haruma recluta, por así decirlo, a la tripulación del Ixia para manejar el Ixion y perseguir a Dechart Dixenberg y el Ame-no-Murakumo.

Mientras el Ixion intenta acercarse a Ame-no-Murakumo, los Rogues de los terrícolas deben luchar en el espacio. ¿Lograrán rescatar a Margaret y frustrar los planes de Dixenberg?

Yamato, Ryugo y Teru deben detener el Cañón de Extinción Dimensional, pero el Yoshitsune y gran cantidad de Cybine se interponen en su camino.

Arshem decide plantar cara a los mayores enemigos de los Draktor, los Elzeid, pese a su tristeza. En la Tierra, la vida sigue, y no hay mayor indicador que la joven Mirai.